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參考資料 8398

用于全基因組變異評(píng)估的人類 DNA

（猶他州之女/歐洲血統(tǒng)）

(HG-001)

此參考材料 (RM) 旨在用于驗(yàn)證、優(yōu)化和過程評(píng)估目的。它由猶他州/歐洲血統(tǒng)的女性全.人類基因組樣本組成，可用于評(píng)估基因組測(cè)序中變異調(diào)用的性能。一個(gè) RM 8398 單元由一個(gè)裝有人類基因組 DNA 的小瓶組成，該基因組 DNA 是從單個(gè)大生長(zhǎng)的人類淋巴母細(xì)胞系 GM12878（標(biāo)記為 HG-001）中提取的。

科里爾醫(yī)學(xué)研究所（新澤西州卡姆登）。該小瓶含有大約 10 µg 基因組 DNA，DNA 位于 TE 緩沖液（10 mM TRIS，1 mM EDTA，pH 8.0）中。

該材料旨在通過獲得真陽(yáng)性、假陽(yáng)性和假陰性的估計(jì)值來評(píng)估人類基因組測(cè)序變異檢出的性能。測(cè)序應(yīng)用可能包括全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序和更有針對(duì)性的測(cè)序，例如基因組。這種基因組 DNA 的分析方式與實(shí)驗(yàn)室處理和分析提取的 DNA 的任何其他樣本相同。由于 RM 是提取的 DNA，因此它對(duì)于評(píng)估 DNA 提取等分析前步驟沒有用處，但它確實(shí)挑戰(zhàn)了測(cè)序文庫(kù)的制備、測(cè)序機(jī)器以及作圖、比對(duì)和變異調(diào)用的生物信息學(xué)步驟。此 RM 并非旨在評(píng)估后續(xù)的生物信息學(xué)步驟，例如功能或臨床解釋。

NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評(píng)估

信息值：

為單核苷酸變異 (SNV)、小插入和缺失 (indel) 以及純合參考基因型提供信息值。 v3.3.2 基準(zhǔn)測(cè)試集涵蓋了大約 91% 的 GRCh37 組件和 85% 的 GRCh38 組件（不包括組件中的間隙），使用方法參考 1 中描述的信息值。信息值被認(rèn)為是 RM 用戶感興趣和使用的值，但沒有足夠的信息來評(píng)估與該值相關(guān)的不確定性。我們使用當(dāng)前可用的數(shù)據(jù)和方法描述和傳播我們對(duì)基因型的最佳、最自信的估計(jì)。隨著新數(shù)據(jù)的積累以及測(cè)量和信息學(xué)方法的出現(xiàn)，這些數(shù)據(jù)和基因組特征將隨著時(shí)間的推移而得到維護(hù)。 HG-001 的數(shù)據(jù)可在國(guó)家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案的 BioSample SAMN03492678 下找到。信息值以變體調(diào)用文件 (vcf) 的形式給出，其中包含基準(zhǔn) SNV 和小插入缺失，以及一個(gè)制表符分隔的“床"文件，該文件描述了基準(zhǔn)區(qū)域，其中任何不在基準(zhǔn) vcf 中的其他變體都應(yīng)該是錯(cuò)誤。信息值不能用于建立計(jì)量溯源性。

RM 8398來自人類淋巴母細(xì)胞系，用于研究用途。既然沒有達(dá)成共識(shí)

提取DNA的感染狀態(tài)，處理RM 8398成分作為生物安全等級(jí)1的材料

根據(jù)疾病預(yù)防控制中心(CDC)辦公室的建議，傳播傳染病

安全，健康，環(huán)境和國(guó)家衛(wèi)生研究院(NIH)[2]。

儲(chǔ)存和使用說明

儲(chǔ)存:RM 8398在NIST儲(chǔ)存在-20°C，但將與冷凍包一起運(yùn)輸，可能不會(huì)冷凍到達(dá)。

NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評(píng)估收到后應(yīng)在-20°C的黑暗處長(zhǎng)期保存，或在4°C的黑暗處短期保存

儲(chǔ)存(如果即將使用)。

使用:建議在將vcf與基準(zhǔn)vcf進(jìn)行比較后，只使用基準(zhǔn)中的變量

區(qū)域被認(rèn)為是真陽(yáng)性、假陽(yáng)性和假陰性。另外，要了解原因

假陽(yáng)性和假陰性，包括基準(zhǔn)集中潛在的錯(cuò)誤，強(qiáng)烈建議使用

在假定的假陽(yáng)性和假陰性的子集周圍，用戶使用

基因組瀏覽器。為性能指標(biāo)和工具開發(fā)標(biāo)準(zhǔn)化定義，以比較不同的調(diào)用

全球基因組學(xué)和健康團(tuán)隊(duì)聯(lián)盟發(fā)布了最佳實(shí)踐

對(duì)于人類基因組中生殖系小變異呼叫的基準(zhǔn)，我們強(qiáng)烈建議遵循[3]。

隨著測(cè)序技術(shù)和分析方法的改進(jìn)，這些基準(zhǔn)呼叫和區(qū)域?qū)⒏?/span>

本調(diào)查報(bào)告將定期更新至

反映重要的新發(fā)布。當(dāng)前版本包含相對(duì)于GRCh37的小變體基準(zhǔn)集

和來自基因組參考聯(lián)盟的GRCh38參考組件。來自各種技術(shù)的數(shù)據(jù)集

對(duì)于這個(gè)基因組的描述見文獻(xiàn)4。

源制備(1)

科里韋爾醫(yī)學(xué)研究所(Camden, NJ)在多個(gè)階段對(duì)其細(xì)胞系GM12878進(jìn)行了大量生長(zhǎng)，

提取大約83毫克的DNA，然后混合DNA，和DNA一起放入小瓶

大致相等地分成小瓶。具體來說，細(xì)胞池被分成三個(gè)單獨(dú)的DNA體積

提取后，將提取的DNA重新混合，在4℃下輕輕混合48 h以上，再取料

自動(dòng)分配到10 μg DNA的小瓶中。

注:該RM是分離的DNA而不是活細(xì)胞，因?yàn)榧?xì)胞不太穩(wěn)定，可以隨每個(gè)細(xì)胞發(fā)生突變

因此活細(xì)胞的序列可能不會(huì)隨著時(shí)間的推移而穩(wěn)定。從大量細(xì)胞中提取DNA

有助于確保所有小瓶含有基本相同的DNA序列。DNA現(xiàn)在可以從這個(gè)地方找到

但其DNA序列可能含有微小的差異

不同批次的細(xì)胞發(fā)生不同的突變。

穩(wěn)定性:通過脈沖場(chǎng)凝膠測(cè)量DNA的大小分布來評(píng)估穩(wěn)定性

電泳(但是脈沖場(chǎng)凝膠電泳的出現(xiàn))。使用PFGE，在4℃保存8個(gè)樣品后，未檢測(cè)到尺寸分布的變化

在37℃保存8周后，其大小分布明顯下降。此外，沒有變化

經(jīng)過5次凍融循環(huán)、大力移液或渦旋后檢測(cè)。然而，因?yàn)槲覀冎粶y(cè)量尺寸